Manfred Schlenker erhielt bereits im Kindesalter vielfältige musikalische Anregungen. So wuchs er auch bald in das kirchlich-musikalische Umfeld hinein und begann bereits frühzeitig mit der Komposition von Melodien. Er erhielt eine Frühausbildung in Klavier, Orgel und Musiktheorie.
Er studierte an der Kirchenmusikschule Halle (Saale) und übernahm 1952 die Leitung der dortigen Studentenkurrende.
1956 wurde Schlenker Domkantor in Stendal und Kirchenmusikdirektor (KMD). Über die Grenzen seiner Gemeinde hinaus wirkte er als Propsteikirchenmusikwart der Altmark, als Leiter der Altmärkischen Kantorei sowie als Landesobmann des Kirchenchorwerkes.
Ab Oktober 1974 bis 1988 war er Kantor am Dom zu Greifswald, ab März 1975 als Leiter der Kirchenmusikschule Greifswald (heute Institut für Kirchenmusik und Musikwissenschaft der Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald) und als Landeskirchenmusikdirektor, als Leiter der Greifswalder Bachwoche und des Domchores in Greifswald tätig.
Seit 1988 lebt er freischaffend in der Nähe von Berlin.