Teilband 1: Ausgabe nach dem Originaldruck - Teilband 2: Ausgabe nach den autographen Quellen
1. Teilband 1: Contrapunctus 1 - 13
2. Contrapunctus a 4 BWV 1080/10a (ältere Fassung von Nr. 10)
3. 4 Canones (BWV 1080/14 - 17)
4. Fuga inversa a 2 Clavicembali (BWV 1080/18,1 und 2)
5. Fuga a 3 Sogetti (Fragment BWV 1080/19)
6. Choral: Wenn wir in höchsten Nöten sein (BWV 668a)
7. Anhang 1: Nr. 1 - 18 und 21 in moderner Klaviernotation
8. Anhang 2: Nr. 12 und 13 in synoptischer Partituranordnung
9. Teilband 2: Ältere Fassungen und Varianten der Contrapunctus und Canones Nr. 1
10. 16. Anhang 1: Satz 1
11. 15 in moderner Klaviernotation
12. Anhang 2: Drei Sätze zur Kunst der Fuge nach den autographen Beilagen des Notenbandes Mus. ms. Bach P 200 der Staatsbibliothek Berlin
13. Teilband I: Zur Edition und 9 Faksimiles
14. Teilband II: Zur Edition und 6 Faksimiles